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可用于检测和纯化各种商品化表达载体上的标签序列，籍以分析检目的蛋白的表达含量及其功能。其原理是抗原—抗体反应，这些标签抗体可以高度特异地结合对应的标签融合蛋白。

通过分子生物学手段，表位标签可融合至目的蛋白的 N 或 C 末端，常用的表位标签有 His、HA、Myc 和 GST等。这些表位标签通常不会影响目的蛋白的生物活性和细胞内定位。表位标签的出现，为科学研究和工业生产提供了方便，因为商业化的标签抗体能特异性地识别标签蛋白上的标签，从而对目的蛋白进行后续的鉴定和分析。

融合标签，如Flag、GST等标签的使用可以简化蛋白质的纯化过程、控制蛋白质固定的空间取向及方便检测、使体内生物事件可视化、提高重组蛋白质的产量、增强重组蛋白质的可溶性和稳定性等。常用的标签包括myc、HA、Flag、His、GST等。其中Flag标签系统利用一个短的亲水性八氨基酸肽（DYKDDDDK）融合到目标蛋白。

融合标签根据其相对分子质量大小可以分为两大类：大的蛋白质分子和小的多肽片段。融合标签的使用可以简化蛋白质的纯化过程、控制蛋白质固定的空间取向及方便检测、使体内生物事件可视化、提高重组蛋白质的产量、增强重组蛋白质的可溶性和稳定性等。

随着越来越多的新基因的发现，基因融合蛋白表达体系以其在新发现蛋白研究中的显著优势已得到广泛应用。其中GST标签体系具有蛋白表达产率高、表达产物纯化方便，以及利于GST抗体制备等特点。GST融合蛋白在水溶液中可溶，可从细菌裂解液中提取，在不变性的条件下通过亲和层析得到。GST融合蛋白可被位点特异性蛋白酶裂解，从而除去GST蛋白。融合蛋白又是一个非常好的强免疫原，因此，很容易制备抗新蛋白的抗体。正是由于以上的优点，商品化的GST融合蛋白表达体系以及GST标签抗体系统至今仍被广泛应用。

常用的标签包括GFP、HA、Flag、His、GST等。其中绿色萤光蛋白（Green Fluorescent Protein），简称GFP，这种蛋白质zui早是由下村脩等人在1962年在一种学名Aequorea victoria的水母中发现。其基因所产生的蛋白质，在蓝色波长范围的光线激发下，会发出绿色萤光。

随着蛋白质组学的迅猛发展，重组蛋白质的使用在近年来大大增加。重组杂合体含有一个亲和标签如GST、Myc、His等，可用于辅助目标蛋白的纯化，这已经被广泛使用。利用融合蛋白有助于重组蛋白纯化和检测的这个有点被广泛认可。在1985年开发出鼠抗c-myc标签抗体并被作为免疫化学试剂用于细胞生物学和蛋白质工程领域中。Myc标签（序列为：EQKLISEEDL）已成功应用于WB杂交技术、免疫沉淀IP和流式细胞术中。因此可用于检测重组蛋白在细菌、酵母、昆虫细胞和哺乳细胞中的表达情况。

融合标签，如HA、His等标签的使用可以简化蛋白质的纯化过程、控制蛋白质固定的空间取向及方便检测、使体内生物事件可视化、提高重组蛋白质的产量、增强重组蛋白质的可溶性和稳定性等。常用的标签包括myc、HA、Flag、His、GST等。其中HA标签系统利用一个HA (influenza hemagglutinin epitope: YPYDVPDYA)短肽肽融合到目标蛋白。